As Filhas de Maria Auxiliadora (FMA) são irmãs salesianas que assumiram a educação das jovens na continuidade deste projeto, com base a herança da ação educativa de Dom Bosco e Santa Maria Domingas Mazzarello. Em 1958, nasceu a sede do Colégio no Monte Estoril, num palacete, com a designação de Colégio Aspirantado Missionário das FMA. As destinatárias eram apenas jovens que se preparavam para a vida religiosa. No ano letivo de 1960 /61 abriu-se a outras jovens da zona, em regime externo, independentemente da sua opção de vida.
Nos anos 1973/75, o número de alunas internas diminui e as externas aumentam consideravelmente. Neste período, a Escola perdeu o nome de Colégio Aspirantado Missionário das FMA, passando a denominar-se Colégio Maria Auxiliadora e obteve por parte do Ministério da Educação e Ciência Paralelismo Pedagógico. Houve assim a necessidade de se alargar os espaços. Logo, em 1972, o Instituto das Filhas de Maria Auxiliadora adquiriu, por compra à Câmara Municipal de Cascais, com o apoio de sua majestade, a Rainha Joana, da Bulgária, um terreno, sito no Bairro do Rosário. Em 1974 inicia-se o Projeto e a 5 de janeiro de 1976, as FMA inauguraram a sua presença, como Escola Salesiana, no Bairro do Rosário, com a valência da Educação Pré-escolar, sob a denominação de Externato Nossa Senhora do Rosário, direcionado para as crianças mais carenciadas da zona. As Irmãs que aqui trabalhavam residiam no Monte Estoril, na Casa Aspirantado Missionário do Sagrado Coração de Jesus, para onde iam e vinham todos os dias.
No ano de 1982, começou a residir permanentemente, no edifício existente, uma comunidade religiosa, composta por três Irmãs. Como não havia nenhuma Escola do Ensino Básico nesta zona do Bairro do Rosário e a população aumentava rapidamente, em 1981 deu-se início à construção da primeira fase de um novo edifício. Neste tempo funcionava a Pré-escolar, com 72 crianças e a catequese com 134 crianças. No dia 7 de outubro de 1982 celebrou-se no pré-fabricado a primeira Eucaristia para os alunos da Pré-escolar e da catequese. A 1 de outubro de 1985 iniciamos a lecionação dos 2.º e 3.º ciclos, com 162 alunas, sendo Diretora da Comunidade, a Ir. Rosa de Oliveira Teixeira e a Diretora Pedagógica, a Ir. Ana de Jesus Carvalho. Deu-se continuidade à Pré-escolar e ao ATL. No ano letivo 1987/88, o 5.º ano passou a ter duas turmas e assim sucessivamente até ao ano 1991/92, em que todas as turmas foram duplicadas. Neste mesmo ano iniciou-se o ensino misto com a admissão de um rapaz para o 6.º ano e o uso do uniforme. Os alunos continuaram a aumentar e no ano letivo 1995/96 deu-se início à terceira turma do 5.º ano.
